Паспорт с визой показываете на регистрации сотруднику авиакомпании. При вылете из Москвы пограничники визу не контролируют(показываете российский паспорт). При въезде в страну прибывания показываете паспорт с визой(или безвизовый биометрический паспорт). У моих жены и детей по 2 паспорта. И ни разу никаких проблем не было. Более того, при перелете через Москву можете использовать только украинский паспорт. Если конечно вы не гражданин России(или не признаетесь в этом). Но максимум, что вам впаяют если узнают это 500 р. штраф (был опыт родственницы)