по поводу бекапов - нужно бекапить только юзерские данные и конфиги. т.е. /etc, /home и если есть мускуль - делать дампы баз. список установленных пакетов можно взять по dpkg --get-selections, потом накатить через set-selections и apt-get dselect-upgrade поставить все как было. бекапить полностью /var, /usr - избыточно, в /root вообще никаких нужных данных быть не должно, /bin, sbin, /lib - вообще не бекапить, так как они полностью востаналиваются из пакетов, а /sys - вообще псевдофайлуха, она после каждого ребута новая. :)
